С ультрозвуком надо без фанатизма, чтоб внутри керамику не разрушить. Впуск желательно снять (можно не снимая, но помучаться).Уплотнительные кольца и шайбы для форсунок под замену при снятии однозначно. Ну а вообще для полной картины хотя бы для начала самодиагностику сделать. Осциллограф подключить к датчикам и ИМ для проверки функционирования. В мануале есть примерные осциллограммы, напряжения, сопротивления, методы проверки. С ТНВД что нибудь делалось или нет?